受北京地铁6号线调整走向的多次调整影响，北京地铁3号线原有规划被搁置。2008年10月，地铁远景线网中3号线规划工作已经启动。市委市政府决定加快轨道交通建设，该线提前到2014年底开工建设。预计2019年建成通车（全线）。

  在近期规划中，北京地铁3号线与6号线进行了线路整合，保留南段，取消了北段（望京、酒仙桥地区）的规划 在计划中，北京地铁3号线西端终点位于石景山区玉泉路砂石场附近，仍有西延计划。东端终点在朝阳区东坝附近，尚未确定；城内走向基本确定，自玉泉路起，沿阜石路向东，途经定慧寺、航天桥、白堆子，转向三里河路，后在二里沟附近转向平安大街，经过姚家园，最后到达北京首都国际机场，成为机场第2条地铁线路。

   3号线将在甘家口商场与北京地铁6号线、12号线换乘，将建设北京第一座地下三层同站台换乘车站。3号线在东四十条和车公庄换乘2号线，在团结湖衔接10号线，在张自忠路与5号线，在张自忠路与5号线，在平安医院与16号线换乘，在地安门东侧锣鼓巷附近与8号线换乘，为同站台换乘。

  3号线已知设置站点有：玉泉路站、永定路站、定慧寺站、航天桥站、白堆子站、甘家口商场站、二里沟东口站、车公庄站、平安医院站、平安里站、北海后门站、地安门东站、宽街站、张自忠路站、东四十条站、工人体育场站、团结湖站、姚家园站、北京首都国际机场站等。

   在《北京市城市轨道交通线网调整规划》中，已将北京地铁3号线与北京地铁6号线合并，3号线规划暂停。